El FAPVS actualmente recibe recursos financieros gubernamentales, el capital inicial fue de 60 millones de Lempiras, posteriormente en el año 2013 se aprobó vía Decreto Ley 133-2013 el aporte del 40% de la ECOTASA (pago de impuesto por el ingreso de automóviles), el cual anualmente se invierten directamente para los proyecto y programas que se ejecutan en el manejo de áreas protegidas. Con los recursos iniciales y con aporte del Banco Mundial se creó un fondo patrimonial por 20.0 Millones de Lempiras cuyos rendimientos se destinan principalmente al monitoreo de la efectividad de manejo de las tres áreas que conforman el Corazón del Corredor Biológico Mesoamericano (CCBM): Reserva de la Biosfera y el Hombre Rio Plátano, Reserva de la Biosfera Tawaka Asangni, Parque Nacional Patuca.
El FAPVS asigna financiamiento con recursos de la ECOTASA a través convocatoria pública que se realiza anualmente según lineamientos acordes a las directrices prioritarias del SINAPH para acciones de conservación mediante proyectos o programas.
Para el Fondo Patrimonial, se opera según el POA consolidado y priorizado para las tres áreas del CCBM.
Los proyectos financiados por el FAPVS son supervisados técnica y financieramente con el fin de que se cumplan los objetivos propuestos, asegurando el manejo apropiado de los recursos y el cumplimiento de las disposiciones legales establecidas con las organizaciones ejecutoras.