Después de los fondos iniciales para su creación (60 Millones de Lempiras) el FAPVS se alimenta de recursos provenientes de la ECOTASA (tasa que el Estado de Honduras aplica por el ingreso de automóviles usados), según Decreto Ley 133-2013.
Estos recursos se destinan a inversiones en áreas protegidas priorizadas en el SINAPH, en sitios de importancia para la vida silvestre (SIPVS) y en acciones prioritarias para la vida silvestre del país, acorde a la normativa para su respectivo manejo.
El FAPVS asigna financiamiento, con estos recursos, a través de convocatoria pública a entidades comanejadoras de áreas protegidas y SIPVS, según las prioridades definidas por la institucionalidad que opera el SINAPH y aprobadas por la Junta Administradora del FAPVS en el Plan de Inversión Anual.