Es la responsable de planificar, organizar, evaluar, manejar y dar seguimiento a la cartera de proyectos del FAPVS. Debe priorizar y proponer al Coordinador de la Unidad Ejecutora los proyectos a ser financiados con base a las metas y resultados a alcanzar anualmente. Además, debe proporcionar asistencia técnica de proyectos a las entidades beneficiarias en la formulación, evaluación, manejo, seguimiento y control de proyectos.
Para cumplir con sus funciones, la UEF podrá apoyarse con servicios externos en función de la demanda que tenga el FAPVS, en aspectos relativos a la planificación, sistemas de información geográfica, servicios y asistencia técnica, evaluación, seguimiento y control de los programas y proyectos. Sus funcionarios deberán mantener frecuente comunicación con las universidades, municipalidades y mancomunidades, centros académicos, co-manejadores de las áreas protegidas y otros relacionados con la gestión de la vida silvestre.
Asimismo, será la responsable de manejar todos los aspectos de la gestión administrativa y financiera del FAPVS, le corresponde la elaboración y el seguimiento de los presupuestos de operaciones y de programas, supervisión de los agentes de inversión contratados para el manejo de las cuentas administrativas (con los fiduciarios)
y otras inversiones del FAPVS, realización de desembolsos para los proyectos y, preparación y/o consolidación de los estados financieros de todas las cuentas.